增加我們對基因調控的認識

並非所有調控基因表現的變化都由DNA序列變異所引起。Epigenetics是另一種基因調控機制，包括DNA甲基化，small RNA介導的調控，或是DNA/蛋白質相互作用的改變而影響染色質結構和轉錄因子結合。 Illumina提供廣泛epigenetics研究相關的產品(包括 Array 及Sequencing)，並提供您有關epigenetic study研究的實驗設計解決方案。

以DNA定序為基礎的甲基化分析 新一代DNA定序技術應用於甲基化分析上，可達到比傳統技術更高的覆蓋率及靈活性，並可讓使用者在methylation sequencing分析上能準確的得到序列上甲基化位置資訊。 Illumina的定序系統可讓研究人員由bisulfite-conversion的方式直接辨識和追踪DNA上甲基化模式。研究者能輕鬆製備高多樣性的sequencing libraries來代表樣品中甲基化的狀態，樣品前置製備方式包括Whole genome bisulfite sequencing (WGBS), Reduced representation bisulfite sequencing (RRBS), 及Immunoprecipitation of methylated DNA (MeDIP)，都可同時搭配定序。 1.Whole genome bisulfite sequencing (WGBS)
利用亞硫酸鹽(Bisulfite)可以轉化未甲基化的胞嘧啶(Cytosine)成尿嘧啶(Uracil)，維持已甲基化的胞嘧啶©的訊號不變，讓後續定序或是晶片分析能有效區分甲基化的位點。在WGBS方法中，片段化後的DNA樣品首先利用 Illumina Truseq DNA Sample Prep Kit連接上Adaptor後，進行Gel篩選並挑出250bp左右大小的片段。產物隨之進行Bisulfite轉化，將未甲基化的胞嘧啶轉化成尿嘧啶。Bisulfite 處理過的DNA片段將會保留基因體上正確的甲基化資訊。PCR放大後即可進行定序。

2.Reduced representation bisulfite sequencing (RRBS)
RRBS方試利用限制酶酵素MspI先針對全基因組上的CCGG區進行切割，再接上Adaptor後進行Bisulfite轉化。最大的好處在於透過酵素切割與片段大小的篩選後，只保留75%-80%的核酸片段進行後端實驗，並可比較精準的針對Gene regulatory region進行定序。

3.Immunoprecipitation of methylated DNA (MeDIP)
免疫沈澱法可使用來進行DNA修飾作用的研究，在分析甲基化位點的實驗中，DNA進行片段化後可使用辨識5’me胞嘧啶的單株抗體來進行沈澱作用，將含有甲基化胞嘧啶的片段分離出來後再接上Adaptor以進行後續的定序。由於使用的是抗體的反應，抗體的濃度與專一性是此法最重要的關鍵，目前有市售的單株抗體可以用來進行此種研究方法。

更多資訊請參考：
http://www.illumina.com/applications/epigenetics.ilmn
http://www.gtbiotech.com.tw/products/pd_metha.asp