TruSeq ChIP Sample Prep Kit
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TruSeq ChIP Sample Prep Kit
新產品
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- 高效率的產量：僅需5ng進樣量即可進行製備。
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- 簡單的操作流程：承襲TruSeq系列製備原理與操作流程，隨拆即用的試劑，且省去繁複純化洗滌等步驟，有效降低實驗者操作時間。
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- Multiplex效能：為因應Illumina平台大量資料量產出，提供您24種index選擇 ( 12 indexes / Kit )，最多可同時混合24個樣品上機定序。
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- 彈性應用 : TruSeq adapter的設計可根據您的實驗策略，進行單邊或雙邊定序，以達分析上需要。
- 高訊雜比：較ChIP-chip有更低的背景值且無交叉雜合的干擾，且能鑑定任何蛋白質結合的核酸序列不受限晶片的探針設計!
轉錄因子或是其他與染色質交互作用的蛋白質，是影響個體顯型特徵的必要機制。染色質免疫沉澱( ChIP )這個方法，可以將參與轉錄因子或其他蛋白質交互作用的特定核酸序列純化出來。經由剖析蛋白質與核酸的交互作用如何調控基因表現，可全盤地了解許多生物反應程序與疾病的情況。而這項epigenetic資訊，可以輔佐生物基因型與基因表現的分析。傳統的實驗方法，可以鑑定出轉錄因子與染色質結合的位置、特定蛋白質所進行的核酸修飾以及調控特定基因時所扮演的角色，但這些傳統實驗方法在使用與獲得資訊上各有限制。
藉由ChIP這個方法可以得到在細胞中許多與蛋白質結合的核酸序列。而Illumina 全基因體免疫沉澱染色質定序( Whole Genome Chromatin IP Sequencing )這項強而有利的技術，可以精準且不受限制的鑑定出全基因體中，與目標蛋白質有交互作用的核酸區域，進而提高研究學者們的研究範疇。利用ChIP-Seq這項技術可對ChIP所得到的核酸序列進行完美解序，所得到的大量序列資料透過與全基因體資料庫進行分析後，就可以知道與蛋白質進行交互作用或是因epigenetic產生修飾的核酸序列座落於染色體上的何處位置。並能應用在各種不同利用免疫沉澱得到的蛋白質與核酸複合物上，例如轉錄因子、核酸聚合酶、轉錄機制、結構蛋白、蛋白質修飾或核酸的修飾。另外，對於偵測細胞中稀有的蛋白質與核酸複合物，可以藉由調整輸出的reads數目提供符合分析需求的dynamic range，藉此提高偵測的敏感度與數據統計的可信度。
由於利用Illumina 定序平台進行ChIP-Seq具有樣品重複性高的特性，所以核酸解序訊號值能遠高於背景值，較微陣列晶片ChIP-chip有更低的背景值且無交叉雜合的干擾，更符合經濟效益。TruSeq ChIP Sample Prep Kit的工作流程請參考下圖。
將HELA細胞進行過免疫沉澱後，取5ng的DNA以TruSeq ChIP sample preparation kit進行樣品製備，使用Illumina個人化定序平台Miseq進行單邊定序，並使用MACS peak finder software分析經過quality-filtered的BAM檔案，可準確找出轉錄因子MafK與核酸交互作用的結合區域，此結果與現有ENCODE資料庫中比對一致(請參考下圖)。
TruSeq ChIP Sample Prep Kit提供您簡化又符合成本效應的實驗選擇，可彈性應用在不同目標蛋白，包含組蛋白研究，以下為H3K4me3定序結果與ENCODE資料庫中比對一致(請參考下圖)。
相較於ChIP-chip，ChIP-Seq有許多優點，包括更低的背景值且無交叉雜合的干擾，能鑑定任何蛋白質結合的核酸序列不受限晶片的探針設計，更高的解析度 (positional resolution)，及所需的樣品進樣量為ChIP-chip的百分之一等。ChIP-chip與ChIP-Seq的比較請參考下圖。
產品相關連結：
TruSeq ChIP Sample Prep Kit產品網頁
TruSeq ChIP Sample Prep Kit data sheet
